【生信学习第一天】DEseq2 差异表达基因计算原创 | 私立大學五星教授網

2021年1月15日 — DESeq2. 就是DESeq 進階. 跟之前一樣，dispersion(從Maximum likelihood 求出) 太variance 。(待補所以之前的方法不用 ...

2022年3月2日 — （1）DEseq2的基因标准化原理：DEseq有自己的一套count标准化程序：其实TPM之类的标准化方法虽然解决了基因长度和测序深度的影响的问题，但还是不能解决 ...

2021年10月18日 — DESeq2的第三步就是根据基因的离散度拟合一个曲线。那么为什么要做拟合呢？不同的基因生物学重复中存在不同的方差，但是，在所有的基因中，将会有一个合理 ...

2022年5月22日 — DESeq2 的主要功能是检测差异表达基因，通过对count 数据的分析，确定基因在不同条件下的表达水平是否存在显著差异。它使用负二项分布泛线性模型来检测 ...

2023年10月17日 — DESeq2原理. 2014原理论文发布在Genome Biology。 Estimate dispersion的策略：. 第一步，通过极大似然估计粗略估计出各基因的dispersion 参数。 ... 第二步 ...

2022年11月6日 — ... DESeq2计算差异菌的也有报道. 一、1.基本原理. 1.1 概述. 全称：DESeq2 package for differential analysis of count data;; 利用负二项分布广义线性模型 ...

2021年10月18日 — 简单地说，DESeq2对原始reads进行建模，使用标准化因子(scale factor)来解释库深度的差异。然后，DESeq2估计基因的离散度，并缩小这些估计值以生成更准确 ...

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2019年12月19日 — 简单地说，DESeq2将对原始reads进行建模，使用标准化因子(scale factor)来解释库深度的差异。然后，DESeq2估计基因的离散度，并缩小这些估计值以生成 ...

2022年9月30日 — 基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液 ...