而阿米巴痢疾的感染途徑就是病由口入，經由受污染的水或食物傳播，蟑螂或蒼蠅等媒介也都可能攜帶阿米巴。通常需要食入超過一定量的原蟲囊體才會發病。囊體被食入後，在小腸釋放出寄生型的活動體，然後移動到大腸，依賴大腸內的細菌和組織碎片生活。無病原性之痢疾阿米巴原蟲不會侵入腸管，只曾住在腸道內維持共生的狀態。
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