肛門疼痛最重要的工作是鑑別診斷,找出是否有實質性器官的病變,如:痔瘡、肛裂、肛門潰瘍或膿瘍,甚至直腸或肛門腫瘤也會造成疼痛,所幸,這些原因的診斷非常容易,門診只需肛門指診配合肛門鏡及直腸鏡就可以確定診斷。如果上述的病變都不存在,而產生肛門疼痛就是所謂【提肛肌痙攣症候群】。
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