在flowcell上注入含有4種標記不同螢光且可被移除的去氧核糖核苷酸(dNTP)之反應試劑進行PCR反應，一旦dNTP被接上正在合成的DNA片段，螢光分子就會被釋放，此時以CCDcamera擷取叢聚的影像。如此反覆進行螢光標記移除、試劑置換與影像偵測，可快速讀取大量的定序結果。
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